Dans le monde de pokémon donjon mystère, il n'y a pas (ou presque pas) d'humains.
La présence d'humains dans ce monde ne pourrait s'expliquer que par des voyages à travers les dimension.
Dans ce même monde, le futur est dévasté, le temps y a cessé de s'écouler et le monde est ainsi plongé dans les ténèbres.
Les quelques pokémon survivants qui ne sont pas de type spectre se cachent et certains luttent pour faire revivre la planète.
C'est ainsi que Massko décida, avec l'aide d'un Célébi shiny, d'aller dans le passer et d'y empêcher les événements qui on provoqué la destruction de la tour du temps, édifice crucial pour que le temps s'écoule correctement, et également l'antre de Dialga.
Cependant, dans le futur, Primal Dialga (forme corrompue et maléfique de Dialga qu'il a prise une fois que la tour du temps s'est écroulée) envoie Noctunoir et ses sbires (une armée de Ténéfix) dans le passé pour arrêter Massko.

Pendant ce temps, Massko, dans le passé, essaye de réunir les rouages du temps, des artefacts nécessaires à l'équilibre du temps tout autant que la tour du temps elle même, mais se fait arrêter par les habitants de cette époque avec l'aide de Noctunoir, ce dernier leur ayant fait croire que Massko volait les rouages pour des intentions malveillantes.
Noctunoir renverra Massko dans le futur, mais il réussi à s’échapper et retourne dans le passé avec l'aide de Célébi.
Cette fois-ci, il récupèrera tout les rouages du temps, et ira à la tour du temps accompagné des héros.
Cependant Noctunoir réapparait et attaque la petite troupe.
Massko décidera alors de se sacrifier en forçant Noctunoir à retourner dans le futur avec lui.
Quelques instants plus tôt, il avait dévoilé au personnage principal qu'une fois que le sabotage de la tour du temps serait empêché grâce aux rouages, le futur que Massko connaît n'aura du coup pas lieu et de ce fait, tout les pokémon venant du futur seront amenés à disparaître.
C'est ainsi qu'il laisse les deux personnages principaux sauver le monde dans le passé.
Mais quand il arrive dans le futur, il n'en à pas terminé pour autant.
Il décide de se battre jusqu'au bout et de lancer une attaque contre Primal Dialga afin de l'empêcher de renvoyer un autre pokémon dans le passé afin d'empêcher le héros d'accomplir sa quête.
Cependant, en cour de route il apprit que Célébi s'était faite enlevée, et Noctunoir apprit qu'il avait été renvoyé par Dialga suite à son échec.
Les deux pokémon, autrefois ennemis, décidèrent de s'allier pour aller voir le pokémon légendaire.
Noctunoir tentera de trahir Massko, mais celui-ci réussira à convaincre le pokémon spectre que disparaître pour permettre à d'autres de vivre une vie meilleure vaut le coup.
Mais une fois que la tour du temps fut réparée dans le passé, les effets commencèrent à se faire voir dans le futur, et Primal Dialga commença à devenir incontrôlable, ce dernier cherchant à revenir dans le passé pour anéantir de nouveau la tour du temps.
C'est ainsi que Massko, avec l'aide de Célébi et Noctunoir, affronta et vainquis Primal Dialga.
Massko n'avait plus qu'as attendre qu'il disparaisse, sachant que ses amis avaient réussi dans le passé.
Mais contre toute attente, il ne disparu pas, et le temps recommença à s'écouler normalement.
Dialga repris sa forme normale, et depuis ce jour les pokémon du futur vivent heureux.